WordPress コメントを無効にするために、ディスカッションの設定を変更しようとしたのですが、ダッシュボードから変更しても反映されません。
DB ファイルをダウンロードして、DB Browser for SQLite や SQLite Tools で変更しようとしたのですが、”database disk image is malformed” と表示されて読み込むことができません。
最初は wp-sqlite-db が最新の WordPress に対応していないと考え、WordPress をダウングレードしたのですが、状況は変わりません。
サーバー上の PHP からは DB にアクセスできているので、PHP で管理するために phpLiteAdmin をサーバーに設置したところ、予想通り、phpLiteAdmin からは DB ファイルにアクセスすることができ、設定を変更することができました。
サーバーで使用されている PHP のライブラリが古いのかもしれませんね。DB ファイルのバックアップを作成することもできたので、これで何かあった場合でも復元できそうです。
PHP のバージョンを 7 から 8 にアップデートすると、phpLiteAdmin が動作しなくなりましたが、このサイトを参考にコードを書き換えると問題なく動作するようになりました。
（2023年10月14日追記）